As Salamu Alaikum
Es gibt Meinungverschiedenheiten darüber, ob man in die Kirche im Allgemeinen gehen darf oder nicht. Einige Gelehrte sagen, dass es verboten ist, einige sagen, dass es unerwünscht ist und andere sagen, dass es erlaubt ist.
Allerdings solltest du sowieso nicht hingehen, wenn dort Gottesdienst stattfindet und daran teilnehmen, weil du somit die Ungläubigen in ihrem Schirk indirekt unterstützt. Es ist nicht erlaubt, in die Kriche zu gehen und an ihren Gottesdiensten teilzunehmen, um ihnen Toleranz und Nachsicht zu zeigen. Es spielt da auch keine Rolle, ob man deswegen den Islam für intolerant hält oder nicht, denn für Schirk gibt es im Islam keine Toleranz.
Siehe Fatawa
http://www.islam-qa.com/en/ref/111832/church
http://www.islam-qa.com/en/ref/126446/church
Du kannst deiner Schwester erklären, dass du jetzt Muslima bist und deswegen nicht mehr in dir Kirche gehst. Ich denke, dass sie das auch verstehen kann, inshaAllah.